手术室净化工程施工质量控制可以分为3个阶段：即准备阶段、施工阶段和验收阶段。
（一）准备阶段质量控制要点
1.认真做好图纸会审和技术交底
充分领会设计意图，做好图纸会审和技术交底工作是保障手术室惊呼施工质量的重要技术环节，发现和解决在施工中难以操作的技术难题，为保证手术室净化施工质量打下坚实的基础。
施工中会出现各种矛盾，这需要施工方与设计、建设方合作，在保证手术室净化工程施工质量的前提下进行合理变更。
如在对某手术室改扩建工程检查中发现，原设计的风管尺寸在主体大楼楼层高度受限制的吊顶层内根本无法施工，后经施工方与设计人员和建设方的协调，在不影响工程质量的前提下，将风管尺寸从方形变为扁形，既满足了风量要求，又保证了施工吊顶高度的要求。
2.严格控制材料设备质量
手术室净化工程的材料设备主要有各类装饰材料和空调设备材料。对装饰材料应严格按国家有关工程技术标准、施工质量验收规范和设计文件的要求进行检验和验证。洁净室应使用不产尘、不积尘、耐腐蚀、防潮防霉和容易清洁并具有防火功能的材料，不能使用木材和石膏板作表面装饰材料。
空调保温材料也必须符合国家有关规定达到耐腐蚀、不产尘、不附着灰尘和防火等要求。